Narodil se 23. dubna 1932 v Liberci. Studoval etnografii a dějiny umění na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy, kde dokončil svá studia v letech 1952–1956. Následně pracoval do roku 1960 jako pracovník Ústavu pro etnografii a folkloristiku Československé akademie věd. Jeho vědecký zájem se zaměřoval na kulturu a psychologii rumunských Slováků žijících na Šumavě. Během této doby spolupracoval s fotografem Karlem Plickou.

V období 1960–1968 působil jako odborný pracovník a kurátor v Oblastní galerii v Liberci. Zde byl také spoluzakladatelem Studio výtvarné fotografie Domu kultury a vzdělávání v Liberci a několik let zastával pozici předsedy. Krátký byl rovněž zakládajícím členem liberecké umělecké skupiny Skupina 7 a kurátorem výstav zakázaných umělců, jako byli Vladimír Boudník, Jan Koblasa, Karel Nepraš, Jaroslav Vožniak, Jiří Balcar, Aleš Veselý, Jiří Anderle a Zbyšek Sion.

Po srpnové okupaci Československa v roce 1968 emigroval do USA, kde pracoval v chemické továrně a zároveň vyučoval na Wilmington College v New Castle, Delaware, jako externí pedagog. V roce 1986 odešel do předčasného důchodu a přesídlil do mexického Oaxacy, kde se věnoval etnologii předkolumbovských civilizací. V roce 1995 se vrátil do České republiky, kde pokračoval v nezávislém výzkumu.

Čestmír Krátký zemřel 20. září 2016 v Praze. Jeho rozsáhlé dílo zahrnuje fotografie, které zachycují detaily oprýskaných zdí, pozůstatky civilizace a výtvarná díla jeho přátel. Jeho fotografické cykly, jako Zvířata, Katastrofy, Mrtvé kruhy nebo Zahrada rozkoší, jsou ceněny pro svou informelní estetiku, skulpturální kvality a surrealistický charakter. Krátký se stal význačným členem českého informelu a post-surrealismu ve fotografii 60. let.